La historia se encumbra al mes de febrero del año 1993, en Pensilvania Caldas, donde es abierto el Seminario; pero con un hecho representativo que desde el año 1987 se tenía en esta localidad el Seminario Menor “Santo Domingo Savio”. Esta experiencia se inició en una casa de la localidad, hoy en día sede de la Cruz Roja con jóvenes de diversos lugares de nuestra diócesis.

La obra del Seminario Mayor se inició con un grupo de diecisiete bachilleres para el grado de primero de filosofía, acompañados por los Padres Diego Cardona Henao con funciones de rector, después de su labor como formador y rector de la institución durante diecisiete años, y Bernardo Quintero Gutiérrez,(actual rector) con funciones de director espiritual. A ellos se unieron un grupo de profesores externos conformados por dos sacerdotes: Padre Iván Correa, q.e.p.d y Augusto Sepúlveda Quintero, más tres formadores laicos que se desempeñaban en los colegios de la localidad. La experiencia a este seguimiento de Jesucristo fue positiva en ese año que fue aumentando y evolucionando hasta 1995 donde se completó el ciclo filosófico con la promoción de siete seminaristas para la experiencia de Año de Formación Pastoral y los posteriores estudios teológicos. Hasta el año 2000 se conservaron los tres grados del Ciclo Filosófico con un promedio de veinte dos seminaristas provenientes de distintas regiones de la variada geografía Diocesana y de otros lugares del país.

El seminario emprende una nueva experiencia y aumenta su promoción vocacional que fueron comprometiendo a la Diócesis en la iniciativa de la construcción de un Seminario Mayor propio, es así que los jóvenes fueron llevados a casas de formación y debido al esparcimiento, Monseñor Fabio Betancur Tirado, el primer Obispo, en unión con el clero y con el apoyo de la comunidad de Pensilvana Caldas, se decidió abrirlo en las propias instalaciones del Menor, hoy hogar Padre Marianito, situado enseguida del ancianato ” Santa Ana” .

El año de formación pastoral se estableció como un nivel más en el proceso de formación, en el año de 1996 con sede en la casa pastoral de Guaduas, Cundinamarca, bajo la orientación del Presbítero Nelson Jair Cardona, con siete seminaristas. En el año de 1998 el año de formación pastoral se traslado a Puerto Salgar Cundinamarca, a la casa de la juventud, hoy en día Seminario Mayor “Cristo Buen Pastor”. Otros sacerdotes fueron directores del año de formación pastoral como: Pbro. Rodolfo Velásquez Escobar y Pbro. José Humberto Cortés Sepúlveda.

Durante mucho tiempo se contempló la posibilidad de tener en la diócesis todo el ciclo de la formación Sacerdotal, filosofía, año de formación pastoral y la teología, idea que se fue cristalizando con la llegada del nuevo Obispo, Monseñor Oscar Aníbal Salazar Gómez, quién, después de consultar a todo su clero y recibir la aprobación de la inmensa mayoría, decidió, en la reunión de formación permanente de julio 28 del año 2000 el traslado del ciclo de filosofía a Puerto Salgar Cundinamarca e iniciar al tiempo el ciclo teológico. En el mes de octubre en la reunión del consejo de formación se decidió el traslado de todos los alumnos de la diócesis que estuvieran en el Seminario de Manizales para establecer la unificación del Seminario.

El Seminario Mayor "Cristo Buen Pastor" como etapas de Formación consta de las siguientes a saber:

• El Propedéutico
• El Ciclo Filosófico
• Año de Pastoral
• El ciclo Teológico
• Saber más clic aquí.

Somos conscientes que el Seminario es una Escuela de Identificación con Cristo Sumo y Eterno Sacerdote, Maestro de la verdad y Buen Pastor, modelo de Pastores, donde los candidatos al Ministerio Sacerdotal van configurando progresivamente su corazón y sus actitudes con las del Señor, quien reclama testigos audaces y comprometidos con su obra salvadora, por eso tratamos de vivir comprometidos con nuestro proceso formativo para que el Seminario siga siendo "el Corazón de la Diócesis"

Dentro de las instalaciones se encuentra la capilla, el oratorio, la cancha deportiva y demás.La capilla es el lugar de un encuentro vivo y personal con Jesucristo que nos alimenta diariamente con su cuerpo y con su sangre.Es la parte fundamental en la nuestra formación, porque es entorno a la oración y a la vivencia de Cristo en que descubrimos nuestra verdadera vocación y podemos proyectarlo y contagirlo al mundo

Oratorio En  la oración tenemos un encuentro íntimo con el Señor que nos habla desde el silencio y nos invita a seguir caminando junto a él para ser sus pastores, sus anunciadores y sus testigos.